Drugą metodą złożenia rozliczenia podatkowego przez internet jest użycie aplikacji, programów komputerowych, które umożliwiają przesyłanie e-deklaracji wprost z własnego systemu finansowo-księgowego.
Przykładem może być obecny na rynku od 12 lat darmowy program "PITy" - jego kolejne edycje różnią się aktualizacjami i rokiem zamieszczanym w nazwie (np. 2008, 2009). Z takich rozwiązań informatycznych korzystają przede wszystkim podmioty gospodarcze; osoby fizyczne będące podatnikami wybierają najczęściej pierwszą opcję.